Ο κύριος στόχος του έργου είναι η αύξηση του επιπέδου προστασίας από πλημμύρες στην περιοχή της Ελλάδας και της Βουλγαρίας και ιδιαίτερα σε περιοχές με μεγάλη πιθανότητα πλημμυρών κατά μήκος των λεκανών απορροής των ποταμών Στρυμόνα και Έβρου.
Προκειμένου να επιτευχθεί αυτός ο βασικός στόχος, οι Δικαιούχοι του Έργου κατέληξαν σε έναν αριθμό επιμέρους στόχων, οι οποίοι στη συνέχεια μετατράπηκαν σε συγκεκριμένες δράσεις. Οι επιμέρους στόχοι του έργου είναι:
– Βελτίωση / υποστήριξη / συντήρηση υφιστάμενων μόνιμων υποδομών προστασίας από τις πλημμύρες, προκειμένου, είτε να αυξηθεί η ικανότητά τους να περιορίζουν τα πλημμυρικά ύδατα, είτε να διευκολύνουν την καλύτερη ροή του νερού και κατά συνέπεια να μειώνουν τον κίνδυνο πλημμύρας.
-Προμήθεια του απαραίτητου εξοπλισμού που θα επιτρέψει στους Δικαιούχους του Έργου να αντιδράσουν άμεσα σε τυχόν επικείμενες πλημμύρες και να περιορίσουν τις αρνητικές επιπτώσεις στις πλημμυρικές περιοχές.
-Ενίσχυση της συνεργασίας μεταξύ των αρμόδιων αρχών στις δύο χώρες και της ικανότητάς τους να αντιμετωπίζουν τα φαινόμενα της κλιματικής αλλαγής.