Το Πακέτο Εργασίας 1 (ΠΕ1), το οποίο είναι υποχρεωτικό, αφορά τη διαχείριση του έργου και περιλαμβάνει τις προπαρασκευαστικές ενέργειες που έχουν αναλάβει οι Εταίροι του έργου για την αύξηση της ωριμότητας των προτεινόμενων παρεμβάσεων, τη διοργάνωση οκτώ συναντήσεων του έργου στη Θεσσαλονίκη, την Ορεστιάδα, το Haskovo, το Blagoevgrad, το Kardzhali και το Smolyan, με την συμμετοχή όλων των Εταίρων του έργου, την καθημερινή διαχείριση του έργου, τις διαδικασίες υποβολής εκθέσεων στην Επιτροπή Διαχείρισης του Προγράμματος, καθώς και τον έλεγχο και την επαλήθευση των δαπανών. Όσον αφορά την υποβολή εκθέσεων, ο επικεφαλής εταίρος θα καταρτίσει εξαμηνιαίες εκθέσεις προόδου με τις παρεχόμενες πληροφορίες από τους υπόλοιπους Εταίρους του έργου και θα είναι υπεύθυνος για τον συνολικό συντονισμό των δράσεων του έργου.
Το Πακέτο Εργασίας 2(ΠΕ2) είναι επίσης υποχρεωτικό από το Πρόγραμμα και περιλαμβάνει μια σειρά δράσεων για την προώθηση των αποτελεσμάτων των έργων, την ευαισθητοποίηση του πληθυσμού της διασυνοριακής περιοχής για την προστασία από τις πλημμύρες και την προώθηση της συνεργασίας μεταξύ των αρμόδιων αρχών των δύο χωρών. Οι ενέργειες επικοινωνίας και διάχυσης θα αναλυθούν περαιτέρω στο σχέδιο επικοινωνίας που θα εκπονηθεί από τον Επικεφαλής Εταίρο με τη συμβολή της Επαρχιακής Διοίκησης του Smolyan. Τα ορόσημα του έργου περιλαμβάνουν την έναρξη της λειτουργίας του, την έναρξη και ολοκλήρωση των εργασιών στις περιοχές παρέμβασης και το τελικό συνέδριο του έργου, όπου θα παρουσιαστούν τα αποτελέσματα των παρεμβάσεων και του έργου συνολικά. Οι συμπληρωματικές δράσεις περιλαμβάνουν τη δημιουργία διαφημιστικού υλικού (φυλλάδια, αφίσες, στυλό, USB sticks κ.λπ.), την ιστοσελίδα του έργου, ενημερωτικό video clip και ενημερωτικές πινακίδες, διαφημιστικές καταχωρήσεις σε ΜΜΕ, δελτία τύπου και συνεντεύξεις Τύπου.
Συγκεκριμένα, το Πακέτο Εργασίας 3 (ΠΕ3) αφορά δράσεις που θα υλοποιηθούν στον ποταμό Στρυμόνα και στη Λίμνη Κερκίνη, από τον Επικεφαλής Εταίρο και την Επαρχιακή Διοίκηση του Blagoevgrad στην Ελλάδα και στη Βουλγαρία αντίστοιχα. Εκτός από τα έργα υποδομής, ο Επικεφαλής Εταίρος θα προμηθευτεί επίσης εξοπλισμό που θα βελτιώσει την ικανότητά του να αντιδράσει άμεσα σε συμβάντα πλημμύρας και θα επεξεργαστεί ένα κοινό πλαίσιο για την αξιολόγηση των χαρακτηριστικών του εδάφους και των υδάτων, προκειμένου να δημιουργηθεί ένα συγκεκριμένο σχέδιο διαχείρισης για το φαινόμενο της διάβρωσης του εδάφους στο Στρυμόνα, χρησιμοποιώντας δεδομένα γεωσκόπησης.
Το Πακέτο Εργασίας 4 (ΠΕ4) αφορά παρεμβάσεις στους ποταμούς Έβρο, Μαρίτσα και Άρδα και θα υλοποιηθεί από την Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, την Επαρχιακή Διοίκηση του Haskovo, την Περιφερειακή Διοίκηση του Kardzhali και την Επαρχιακή Διοίκηση του Smolyan. Συγκεκριμένα, η Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης θα προχωρήσει σε έργα υποδομής στην Ορεστιάδα, στο Σουφλί, στο Διδυμότειχο και στις Φέρρες. Η Επαρχιακή Διοίκηση του Haskovo θα εκπονήσει έκθεση συμμόρφωσης και έκθεση υδρολογικών πληροφοριών, θα αναλάβει έργα υποδομής για την ενίσχυση της δεξιάς όχθης και τον καθαρισμό του ποταμού Μαρίτσα στην περιοχή των χωριών Velikan και Yabalkovo καθώς και μια σειρά συμπληρωματικών ενεργειών όπως η εποπτεία, ο έλεγχος των επενδύσεων και διαδικασίες αδειοδότησης. Η Περιφερειακή Διοίκηση του Kardzhali θα αναλάβει την προετοιμασία της αρχικής έρευνας και των έργων υποδομής για δύο περιοχές παρέμβασης: α) Αποκατάσταση του προστατευτικού αναχώματος στον ποταμό Krumovitsa κοντά στoν σταθμό καυσίμων Oktan και β)Κατασκευή προστατευτικού αναχώματος στον ποταμό Dzhebelska του Tyutyunche, καθώς και την εποπτεία της εφαρμογής και της παροχής μεγαλύτερων ποσοτήτων νερού σε τμήματα του ποταμού. Τέλος, η Επαρχιακή Διοίκηση του Smolyan θα αναλάβει την προετοιμασία μελέτης σκοπιμότητας για την κατασκευή και την αναβάθμιση τριών τοίχων ασφαλείας από σκυρόδεμα κατά μήκος του ποταμού Cherna στο Smolyan, στον ποταμό Varbitsa στον Zlatograd και στον ποταμό Chepinska στο Rudozem, την υδρολογική αναφορά, την έκθεση συμμόρφωσης και τις σχετικές κατασκευαστικές εργασίες.
Το Πακέτο Εργασίας 5 (ΠΕ5) ενσωματώνει την ποιοτική και ποσοτική ανάλυση των επιπτώσεων των έργων και στις δύο πλευρές των συνόρων, ενισχύοντας τα οφέλη των παρεμβάσεων στις δύο λεκάνες απορροής ποταμών. Η εκτίμηση επιπτώσεων θα διεξαχθεί από την Αποκεντρωμένη Διοίκηση Μακεδονίας – Θράκης, ενώ οι υπόλοιποι Εταίροι του έργου θα παράσχουν πολύτιμες πληροφορίες.